Sie legen im entsprechenden Ordner einfach eine .htaccess an mit dem Inhalt der zu sperrenden Dateiendungen:
AddHandler default-handler .Endung1 .Endung2 Options -ExecCGI
Konkretes Beispiel:
AddHandler default-handler .cgi .pl .py .cs .php .php3 .php4 .php5 .phtml .phps Options -ExecCGI